COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-13 17:00:00 15.336801 15.336801 17.709989
2021-04-12 17:00:00 19.542433 19.542433 18.404232
2021-04-11 17:00:00 18.437723 18.437723 18.733532
2021-04-10 17:00:00 17.177248 17.177248 19.037393
2021-04-09 17:00:00 17.603153 17.603153 19.400429
2021-04-08 17:00:00 15.950096 15.950096 19.791929
2021-04-07 17:00:00 14.897085 14.897085 20.180974

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-13 17:00:00 10.970996 10.970996 14.398475
2021-04-12 17:00:00 12.605042 12.605042 13.480916
2021-04-11 17:00:00 17.417619 17.417619 13.393313
2021-04-10 17:00:00 16.481994 16.481994 13.132833
2021-04-09 17:00:00 20.068611 20.068611 13.376506
2021-04-08 17:00:00 14.948732 14.948732 13.494469
2021-04-07 17:00:00 9.882671 13.636364 13.698350

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-13 17:00:00 26.111908 26.111908 24.575440
2021-04-12 17:00:00 33.632287 11.111111 24.609779
2021-04-11 17:00:00 33.512786 33.512786 24.625684
2021-04-10 17:00:00 24.289773 24.289773 24.265820
2021-04-09 17:00:00 27.272727 27.272727 24.163378
2021-04-08 17:00:00 28.596491 28.596491 24.207152
2021-04-07 17:00:00 21.037037 21.037037 24.138805

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-13 17:00:00 15.619924 15.619924 16.210142
2021-04-12 17:00:00 15.096860 15.096860 16.132385
2021-04-11 17:00:00 22.851638 22.851638 16.254288
2021-04-10 17:00:00 15.402002 15.402002 15.961589
2021-04-09 17:00:00 14.755043 14.755043 15.711339
2021-04-08 17:00:00 18.324226 18.324226 15.507699
2021-04-07 17:00:00 9.989737 9.989737 15.230498

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-13 17:00:00 16.935568 16.935568 16.303186
2021-04-12 17:00:00 21.025485 21.025485 16.418084
2021-04-11 17:00:00 21.977240 21.977240 16.271245
2021-04-10 17:00:00 13.440301 13.440301 16.241272
2021-04-09 17:00:00 13.426261 13.426261 16.188310
2021-04-08 17:00:00 13.152344 13.152344 16.148878
2021-04-07 17:00:00 11.882054 11.882054 16.205835

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-13 17:00:00 28.597450 28.597450 36.704439
2021-04-12 17:00:00 62.896175 62.896175 37.919126
2021-04-11 17:00:00 37.524054 37.524054 38.182955
2021-04-10 17:00:00 44.486581 44.486581 38.836177
2021-04-09 17:00:00 44.900422 44.900422 39.474235
2021-04-08 17:00:00 25.934861 25.934861 40.180395
2021-04-07 17:00:00 20.542083 20.542083 40.352060

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-13 17:00:00 10.409652 10.409652 14.257875
2021-04-12 17:00:00 17.484009 17.484009 14.539648
2021-04-11 17:00:00 13.445378 13.445378 14.850922
2021-04-10 17:00:00 17.006508 17.006508 15.100845
2021-04-09 17:00:00 12.918108 12.918108 15.399598
2021-04-08 17:00:00 13.958461 13.958461 15.872199
2021-04-07 17:00:00 12.773560 12.773560 16.270151

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-13 17:00:00 6.584083 6.584083 6.594657
2021-04-12 17:00:00 14.390742 5.380778 6.608923
2021-04-11 17:00:00 8.526777 8.526777 6.651583
2021-04-10 17:00:00 7.447567 7.447567 6.699099
2021-04-09 17:00:00 6.903363 6.903363 6.865894
2021-04-08 17:00:00 5.875107 5.875107 7.027611
2021-04-07 17:00:00 5.287874 5.287874 7.207151

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-13 17:00:00 10.153846 10.153846 14.458377
2021-04-12 17:00:00 14.312442 14.312442 14.996529
2021-04-11 17:00:00 16.222760 16.222760 15.349454
2021-04-10 17:00:00 15.589354 15.589354 15.685767
2021-04-09 17:00:00 15.111271 15.111271 16.028648
2021-04-08 17:00:00 13.414211 13.414211 16.099382
2021-04-07 17:00:00 11.105304 16.578896 16.169278

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-13 17:00:00 35.098632 35.098632 27.675245
2021-04-12 17:00:00 21.362760 21.362760 27.504984
2021-04-11 17:00:00 25.549390 25.549390 27.794817
2021-04-10 17:00:00 30.010091 30.010091 28.353714
2021-04-09 17:00:00 30.088738 30.088738 28.831305
2021-04-08 17:00:00 26.932059 26.932059 29.403216
2021-04-07 17:00:00 38.965570 38.965570 30.015003

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-13 17:00:00 10.979228 10.979228 12.387216
2021-04-12 17:00:00 11.623037 4.594371 12.298105
2021-04-11 17:00:00 16.804636 16.804636 12.451089
2021-04-10 17:00:00 16.897959 16.897959 12.821777
2021-04-09 17:00:00 16.986095 16.986095 13.335741
2021-04-08 17:00:00 17.326733 17.326733 13.689458
2021-04-07 17:00:00 8.965517 8.965517 14.432231

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-13 17:00:00 0.000000 0.000000 5.250977
2021-04-12 17:00:00 8.615385 8.615385 5.004969
2021-04-11 17:00:00 5.837174 5.837174 4.988006
2021-04-10 17:00:00 9.764919 9.764919 4.914470
2021-04-09 17:00:00 7.202680 7.202680 5.039780
2021-04-08 17:00:00 3.375527 3.375527 5.083738
2021-04-07 17:00:00 1.342282 0.724638 5.008496

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-13 17:00:00 5.870445 5.870445 6.588952
2021-04-12 17:00:00 4.810997 4.810997 6.734284
2021-04-11 17:00:00 8.105148 8.105148 6.888773
2021-04-10 17:00:00 5.523810 5.523810 7.171037
2021-04-09 17:00:00 6.828057 6.828057 7.378431
2021-04-08 17:00:00 7.953817 7.953817 7.514031
2021-04-07 17:00:00 7.163886 9.918478 7.670567

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-13 17:00:00 42.960289 42.960289 42.902688
2021-04-12 17:00:00 27.586207 44.588745 42.263277
2021-04-11 17:00:00 40.259740 40.259740 42.579710
2021-04-10 17:00:00 36.643836 36.643836 42.383681
2021-04-09 17:00:00 55.729167 55.729167 42.377657
2021-04-08 17:00:00 40.097800 40.097800 42.840694
2021-04-07 17:00:00 38.432836 38.432836 43.453491

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-13 17:00:00 15.349985 15.349985 18.608901
2021-04-12 17:00:00 21.052632 9.236131 19.233226
2021-04-11 17:00:00 24.900181 24.900181 19.830220
2021-04-10 17:00:00 17.372823 17.372823 20.413725
2021-04-09 17:00:00 23.469521 23.469521 21.012973
2021-04-08 17:00:00 22.503726 22.503726 21.810754
2021-04-07 17:00:00 19.047619 19.047619 22.446132

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-13 17:00:00 44.994333 44.994333 39.025144
2021-04-12 17:00:00 28.506471 28.506471 38.894886
2021-04-11 17:00:00 34.899846 34.899846 40.009045
2021-04-10 17:00:00 47.249869 47.249869 41.050937
2021-04-09 17:00:00 36.094317 36.094317 41.261953
2021-04-08 17:00:00 52.724359 52.724359 41.976118
2021-04-07 17:00:00 20.067157 20.067157 42.127828

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-13 17:00:00 9.470026 9.470026 9.495633
2021-04-12 17:00:00 11.880805 11.880805 9.579456
2021-04-11 17:00:00 9.964893 9.964893 9.520797
2021-04-10 17:00:00 10.625000 10.625000 9.448971
2021-04-09 17:00:00 8.864007 8.864007 9.557775
2021-04-08 17:00:00 6.707719 6.707719 9.553299
2021-04-07 17:00:00 9.160571 9.160571 9.687151

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-13 17:00:00 12.817188 12.817188 16.238864
2021-04-12 17:00:00 14.361496 14.361496 17.216457
2021-04-11 17:00:00 15.577191 15.577191 18.441929
2021-04-10 17:00:00 13.902715 13.902715 19.865851
2021-04-09 17:00:00 13.937766 10.325986 21.722652
2021-04-08 17:00:00 12.748886 60.707547 23.671013
2021-04-07 17:00:00 51.683066 51.683066 25.697215

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-13 17:00:00 12.172553 12.172553 13.250400
2021-04-12 17:00:00 17.866067 17.866067 13.448076
2021-04-11 17:00:00 15.082696 15.082696 13.707127
2021-04-10 17:00:00 13.124442 13.124442 13.760396
2021-04-09 17:00:00 14.392523 14.392523 13.842465
2021-04-08 17:00:00 12.143233 12.143233 13.946956
2021-04-07 17:00:00 12.233973 12.233973 14.070721

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-13 17:00:00 13.053892 13.053892 16.713713
2021-04-12 17:00:00 24.390244 5.305040 16.309808
2021-04-11 17:00:00 22.765599 22.765599 16.724496
2021-04-10 17:00:00 19.973719 19.973719 16.717983
2021-04-09 17:00:00 26.657825 26.657825 17.049845
2021-04-08 17:00:00 16.396568 22.811671 17.361883
2021-04-07 17:00:00 15.602837 15.602837 17.628332

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-13 17:00:00 21.719457 21.719457 22.566638
2021-04-12 17:00:00 52.459016 14.479638 24.057492
2021-04-11 17:00:00 24.137931 24.137931 25.125492
2021-04-10 17:00:00 34.977578 34.977578 25.102560
2021-04-09 17:00:00 27.083333 27.083333 24.420343
2021-04-08 17:00:00 20.000000 20.000000 23.466690
2021-04-07 17:00:00 14.987715 14.987715 22.524200

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-13 17:00:00 23.832659 23.832659 24.258766
2021-04-12 17:00:00 23.128448 23.128448 24.514073
2021-04-11 17:00:00 25.776857 25.776857 24.962525
2021-04-10 17:00:00 21.336032 21.336032 25.204534
2021-04-09 17:00:00 35.160142 35.160142 25.940161
2021-04-08 17:00:00 23.934426 23.934426 26.857710
2021-04-07 17:00:00 20.494374 20.494374 28.244586

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 10.970996 10.970996 14.398475
Basilicata 26.111908 26.111908 24.575440
Calabria 15.619924 15.619924 16.210142
Campania 16.935568 16.935568 16.303186
Emilia-Romagna 28.597450 28.597450 36.704439
Friuli Venezia Giulia 10.409652 10.409652 14.257875
Lazio 6.584083 6.584083 6.594657
Liguria 10.153846 10.153846 14.458377
Lombardia 35.098632 35.098632 27.675245
Marche 10.979228 10.979228 12.387216
Molise 0.000000 0.000000 5.250977
P.A. Bolzano 5.870445 5.870445 6.588952
P.A. Trento 42.960289 42.960289 42.902688
Piemonte 15.349985 15.349985 18.608901
Puglia 44.994333 44.994333 39.025144
Sardegna 9.470026 9.470026 9.495633
Sicilia 12.817188 12.817188 16.238864
Toscana 12.172553 12.172553 13.250400
Umbria 13.053892 13.053892 16.713713
Valle d'Aosta 21.719457 21.719457 22.566638
Veneto 23.832659 23.832659 24.258766

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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